Facteurs de risque liés aux éclosions de grappes d’une infection par le virus de la grippe aviaire de type A, Indonésie

Contexte En juillet, l’Indonésie avait signalé des foyers d’infection par l’influenza aviaire chez les humains. Les facteurs de risque de regroupement des cas restent largement inconnus. Cette étude évalue les facteurs de risque d’épidémies et d’infections secondaires dh. Méthodes Les épidémies sporadiques et en grappes ont été comparées Les variables évaluées comprennent celles qui n’ont jamais été rapportées précédemment, y compris la taille du ménage et les relations généalogiques entre les cas et leurs contactsRésultats Les foyers de grappes ont des ménages plus nombreux et plus de contacts sanguins, en particulier au premier degré, par rapport aux épidémies sporadiques. des rapports de parenté au premier degré avec les odds ratios ajustés [aOR]; % intervalle de confiance [IC]: – et les cas index ayant une exposition directe à des sources de virus de la grippe aviaire AH,; % IC: – Les facteurs de risque d’infection secondaire étaient âgés de et aOR,; % CI: -, ou et années aOR,; % CI: -, ayant une exposition directe à des sources de virus de la grippe aviaire AOR,; % CI: -, et étant un premier degré relatif à un cas index aOR,; % CI: – Les frères et sœurs pour indexer les cas étaient plus susceptibles de devenir des cas secondaires. % CI: -Conclusions Le type d’exposition et la relation généalogique entre les cas index et leurs contacts ont un impact sur le risque de regroupement L’étude ajoute des preuves que l’infection par l’IAHN est influencée par la susceptibilité génétique de l’hôte et peut même dépendre de celle-ci

Infection par le virus A HN de la grippe aviaire L’infection par l’IAHN est un problème de santé publique international Bien que la plupart des cas détectés aient été sporadiques, il y a eu un certain nombre de cas, typiquement d’individus du même ménage. la capacité de transmission humaine du virus, qui pourrait ensuite entraîner l’émergence d’une nouvelle pandémie de grippe Les grappes présentent aussi un intérêt car elles peuvent fournir des informations sur les facteurs de risque d’infection, la probabilité de susceptibilité génétique et la dynamique de transmission de la maladie. Cependant, les recherches antérieures se limitaient en grande partie à décrire les caractéristiques épidémiologiques cliniques et de base des cas dans les grappes. Parce que le cas d’infection par l’influenza aviaire à déclaration obligatoire en Indonésie est globalement limité. compte représente un tiers des cas dans le monde, l’analyse détaillée des épidémies indonésiennes peut ad Les premiers cas humains d’IA HN ont été détectés en juillet en Indonésie En juillet, les cas humains ont été confirmés, et les cas probables associés aux cas confirmés ont été identifiés dans les ménages . Le ministère indonésien de la Santé enquête sur tous les cas humains de grippe aviaire afin de déterminer la source de la maladie et de l’exposition aux maladies. C’est la première étude à l’échelle mondiale à comparer les épidémies impliquant un seul cas avec celles impliquant le & gt; Les facteurs de risque pour les éclosions de grappes et les facteurs de risque pour l’infection de cas secondaire Les deux paliers explorent les variables au niveau des ménages et des individus, y compris celles jamais connues à ce jour, comme les ménages. la taille et les relations généalogiques entre les cas et leurs contacts

Méthodes

Définitions

La base de données de cas AI HN du ministère de la Santé et les formulaires d’enquête détaillés ont été examinés et analysés pour les flambées détectées entre juillet et juillet L’étude était conforme aux définitions OMS des catégories probables et confirmées d’infection humaine par l’IAHN , et définitions de grappes et de poussées sporadiques Une grappe est un groupe composé de ≥ cas confirmés d’infection par le virus HN et de cas confirmés ou probables supplémentaires associés à un contexte spécifique, avec apparition de cas survenant dans des semaines les uns des autres. cas confirmé d’infection par le virus HN Pour les éclosions sporadiques et en grappes, un contact domestique était une personne qui avait au moins des heures de contact avec un cas à la maison dans les jours précédant ou suivant le début de la maladie. les villes ou les villes étaient définies comme urbaines, les banlieues des villes comme semi-urbaines et les villages comme rurales. définis comme des éclosions survenant pendant la saison humide de décembre à mars par rapport à celles de la saison sèche d’avril à novembre Trois catégories ont été utilisées pour décrire l’exposition aux maladies: directe, indirecte et autre: exposition directe aux cas de volailles malades ou mortes , manipulé des produits avicoles tels que des engrais, ou qui ont eu des décès de volaille dans la maison; Une exposition «indirecte» aux cas où des décès de volaille ont été signalés dans le voisinage du cas, des cas où des volailles en bonne santé étaient présentes dans le voisinage et des cas qui ont visité des marchés d’oiseaux vivants; et «autres» aux cas dont l’exposition n’était pas concluante malgré l’enquête ou qui étaient apparemment seulement exposés à un cas antérieur mais pas aux types d’exposition directe ou indirecte. La taille des ménages était le nombre de personnes dans le ménage incluant tous les cas. et variable catégorielle Les contacts ont été classés dans leur relation généalogique avec le cas index. Les parents au premier degré comprenaient les parents, la progéniture et les frères et soeurs; les parents au deuxième degré étaient les tantes, les oncles, les petits-enfants, les grands-parents, les neveux et les nièces; et les parents au troisième degré étaient des cousins ​​Les relations non sanglantes avec le cas index comprenaient les conjoints, la belle-famille et l’aide ménagère

Collecte de données

Des équipes d’enquête de terrain ont été déployées pour enquêter et lancer des mesures de lutte contre les épidémies [, -] Des équipes de district ont été déployées le jour même de la détection des flambées pour lancer l’enquête. Une équipe provinciale / nationale a rapidement suivi pour collecter systématiquement les données. La plupart des équipes provinciales / nationales comprenaient également un épidémiologiste de l’OMS pour soutenir la collecte des données. Les cas ont été interviewés lorsque possible, car de nombreux cas sont morts avant l’arrivée des équipes d’enquêteurs, les membres de la famille, en particulier les informateurs clés. chefs de village Des formulaires de collecte de données, élaborés selon les directives de l’OMS [,,], ont été utilisés pour obtenir des données démographiques, cliniques et épidémiologiques. Des contacts ont été établis avec les ménages et les agents de santé du semaines pour surveiller et détecter tout c supplémentaire Dans le ménage La définition des contacts familiaux et de leur suivi pendant des semaines a été uniformément et systématiquement appliquée dans les épidémies sporadiques et de groupe

Méthodes statistiques et éthique

Nous avons utilisé la régression logistique pour évaluer les facteurs de risque d’épidémies, en commençant par des analyses univariées puis en construisant des modèles multivariés en utilisant des variables significatives en α = en analyse univariée et en éliminant séquentiellement des termes non significatifs en α = commençant par le P le plus élevé. le test Cessie-van Houwelingen-Copas-Hosmer non-pondéré des carrés de test d’adéquation pour évaluer la validité du modèle, comme préconisé par Hosmer et al Les prédicteurs indépendants des foyers de grappes ont été explorés en utilisant des statistiques descriptives. méthode d’intervalle pour dériver des intervalles de confiance pour les proportions

Tableau Principale exposition présumée pour les cas sporadiques n =, cas de l’indice des grappes n = et cas secondaires des grappes n = Type d’exposition Exposition Cas sporadique% Cas de l’indice des grappes% Cas secondaires des grappes% Total Direct Oiseaux morts ou HN confirmés chez les oiseaux domestiques Oiseau manipulé produits Oiseaux malades / morts subtotaux Sous-total Indigènes Oiseaux sains dans le voisinage Mort d’oiseaux dans le voisinage Marché des oiseaux vivants visités * Sous-total Autres Non convaincant mais exposé au cas précédent … … Non concluant malgré enquête … Total partiel Type d’exposition Exposition Cas sporadique% Indice de grappe% cas secondaires% Total Décès directs d’oiseaux ou HN confirmés chez les oiseaux à la maison Produits d’oiseaux manipulés Oiseaux malades / morts manipulés Sous-total Indirect Oiseaux en santé dans le voisinage Décès d’oiseaux dans le voisinage Marché des oiseaux vivants visités * Sous-total Autres Non convaincant mais exposé au cas précédent … … Non concluant malgré enquête … Sous-total Totala Bien que le cas index ait été exposé aux marchés d’oiseaux vivants, l’exposition principale du cas était classée birdsView LargePour évaluer les facteurs de risque d’infection secondaire, la régression logistique a été utilisée avec des ajustements pour les tables de clustering et en calculant une erreur type robuste pour le logiciel Stata, la version StataCorp et l’environnement statistique R ont été utilisées pour les analyses descriptives et statistiques. ] Cette étude faisait partie d’une enquête de santé publique en cours et est donc exemptée de l’examen par un comité d’examen institutionnel

Tableau Facteurs de risque de l’infection secondaire comparant les cas secondaires et les contacts sains Variable multivariée univariée Cas secondaires% Contacts sains% OU Valeur P Valeur OR ajustée% CI Groupe d’âge – – – – – – & gt; Groupe de référence … … Sexe Masculin Féminin Exposition typea Direct Indirect – Parent au premier degré Oui Non – Univarié Multivarié Variable Cas secondaires% Contacts sains% OU Valeur P Ajustée Valeur P% CI Groupe d’âge – – – – – – & gt; Groupe de référence … … Sexe Masculin Féminin Exposition typea Direct Indirect – Parent au premier degré Oui Non – Abréviations: OR, odds ratio; IC, intervalle de confianceaExclu la catégorie ‘autre’ car les données n’étaient pas disponibles pour les contacts sains

Tableau Relations généalogiques associées aux cas secondaires, Comparaison des cas secondaires et des contacts sains Relation Cas secondaires,% Contacts sains,% OU Valeur p% CI Frère – Autre premier degré – Père Mère Enfant Deuxième et troisième degré Groupe de référence Petit-enfant Grand-parent Autres tantes / oncles, cousins, neveux / nièces Relation Cas secondaires,% contacts sains,% OR Valeur p% CI Frères et sœurs – Autre premier degré – Père Mère Enfants Deuxième et troisième degré Groupe de référence Petits-enfants Grand-parents Autre tante / oncles, cousins, neveux / nièces Abréviations: OR, odds ratio; CI, intervalle de confianceView Large

RÉSULTATS

Au cours de la période d’étude, des foyers d’infection humaine par l’IAHN ont été détectés, dont des cas sporadiques et des grappes. Il y a eu des cas confirmés en laboratoire et probables Pour les éclosions sporadiques, seul le cas a été détecté dans chacune de ces éclosions. et surveillance de leurs contacts familiaux Dans les foyers de grappes, il y avait des cas confirmés et probables, où la taille moyenne des grappes était médiane; range, – Seul le cluster avait & gt; cas – une grappe de la province du nord de Sumatra qui avait des cas confirmés et probables Le taux de létalité était de% Une carte des cas et le type d’épidémie par province peut être vu dans la Figure

Figure Vue largeTélécharger diapositiveAffections confirmées et probables de l’influenza aviaire HN en Indonésie, selon la province et le type de flambée, juillet-juillet Figure Agrandir l’imageTélécharger les cas confirmés et probables d’Influenza aviaire HN en Indonésie, selon la province et le type de flambée, juillet-juillet

Facteurs de risque pour les éclosions de grappes

Treize variables au niveau des ménages et des individus ont été explorées en tant que facteurs de risque potentiels pour les foyers de grappes. Quatre variables avaient des valeurs de P & lt; sur les analyses univariées: taille du ménage, nombre de contacts sanguins avec le cas index, le principal type d’exposition du cas index et le degré de relation sanguine avec le cas index Figure Les facteurs de risque et le modèle multivarié sont présentés ci-dessous

Figure Vue largeTélécharger la diapositive Facteurs de risque d’épidémies de grippe aviaire A HN comparant les épidémies sporadiques et de grappes Les barres de la colonne de gauche sont des proportions empiriques de foyers qui sont des grappes Les rectangles blancs dans la colonne de droite sont des épidémies sporadiques et des La relation entre la parenté et la formation de grappes est présentée par la proportion de tous les contacts familiaux selon le degré de parenté pour les éclosions sporadiques et de groupe. Les variables significatives au niveau de% sont indiquées avec des valeurs P à côté du titre. Pour le nombre de parents au premier degré Pour les parents au deuxième ou au troisième degré ou les cohabitants non apparentés, les valeurs P étaient, et, respectivement. Les cas index dont l’exposition n’a pas pu être déterminée malgré l’investigation sont omis de l’exposition. variables de niveau de cas index incluses cas d’index pour clust Les barres dans la colonne de gauche sont des proportions empiriques d’éclosions qui sont des grappes. Les rectangles blancs dans la colonne de droite sont des données de foyers sporadiques et de Noirs. les rectangles représentent les foyers de grappes La relation entre parenté et formation de grappes est présentée par la proportion de tous les contacts familiaux par degré de parenté pour les épidémies de grappes et sporadiques à droite, en bas Les variables significatives au niveau de% sont indiquées par P à côté du titre cas, valeur P présentée pour le nombre de parents au premier degré Pour les parents au deuxième ou au troisième degré ou cohabitants non apparentés, les valeurs P étaient, et, respectivement Les cas index dont l’exposition n’a pu être déterminée malgré l’investigation sont omis du panneau d’index Analyses pour le niveau de cas d’index variabl es inclus les cas d’index pour les clusters car les clusters avaient des cas coindex

Figure View largeTélécharger la diapositive Risque d’infection secondaire par groupe d’âge enfant & lt; ans, adulte ≥ années et degré de parenté hématologique au cas index Les barres indiquent% d’intervalles de confiance calculés à partir de l’intervalle de score de WilsonFigure Voir grandDisque de téléchargementRisque accidentel des cas secondaires par groupe d’âge enfant & lt; années, adultes ≥ années et degré de parenté hématologique au cas index Les barres indiquent les intervalles de confiance en% calculés à partir de l’intervalle de score de Wilson

Facteurs de risque au niveau des ménages

Pour ces éclosions, des individus ont été étudiés, parmi lesquels des cas indexés de maladies et des cas secondaires sont demeurés sains. Etant donné que l’épidémie de grappes ne comportait que des cas de coindex mais aucun cas secondaire, les cas secondaires sont apparus. provenant des foyers de grappes Le taux global d’attaque dans les foyers était de 33 Trente-trois ménages avaient – des personnes%, avaient – des personnes%, avaient – des personnes%, et avaient & gt; personnes% La taille moyenne des ménages était les personnes pour les éclosions sporadiques et pour les éclosions en grappes. Chaque membre supplémentaire du ménage a augmenté les chances de développer une grappe par% de chance [OR]; % intervalle de confiance [IC]: -, P & lt; Le risque accru était légèrement plus élevé pour chaque contact relatif de sang additionnel OU; % IC: -, P = La majorité des contacts familiaux pour les types d’épidémies sporadiques et en grappes étaient des parents au premier degré Figure, mais cette proportion était significativement plus élevée dans les éclosions en grappes P = et le risque de développer une grappe augmentait nettement avec le nombre de parents au premier degré OU; % CI: -, P & lt; En revanche, ces foyers n’indiquent pas que le risque augmente avec plus de P = second degré, ou de P = troisième parent = apparenté, ni avec les P = cohabitants non apparentés, suggérant que le risque accru attribuable à la taille importante des ménages est probablement dû au Augmentation du nombre de parents de sang au premier degré tels que frères et sœurs, parents et descendantsParfait ménages urbains,% urbains, semi-urbains et% ruraux Des éclosions sporadiques et de grappes sont survenues dans tous les milieux. l’emplacement, la période de l’année ou l’âge moyen des cohabitants étaient des facteurs de risque d’éclosion de grappes Figure

Facteurs de risque individuels

Des cas d’éclosion sporadiques et des éclosions en grappes avec éclosion en grappes avaient des cas index avec la même date de début de maladie Des proportions similaires de cas sporadiques et de cas indexés en grappes dans les professions liées aux oiseaux% étaient susceptibles d’être infectés à la maison% sporadique et% Ces variables, ainsi que l’âge et le sexe, n’étaient pas associées à des éclosions sporadiques ou en grappes. Figure L’exposition à l’index était significativement associée au type de foyer, où les cas indexés avec exposition directe aux sources d’IA Les virus HN étaient plus susceptibles de conduire à des clusters OU; % CI: -, P =, Figure Le tableau présente les principales expositions présumées pour les cas d’éclosions sporadiques et de grappes. Comparativement aux cas sporadiques, une plus grande proportion de cas indexés de grappes présentaient des décès d’oiseaux à la maison% vs% ou manipulés vs% Une proportion plus élevée de cas sporadiques ont présenté une exposition indirecte comme principale exposition, une plus grande proportion ayant été exposée à des décès de volailles dans leur quartier% vs%, une aviculture saine dans leur quartier% vs% ou un marché d’oiseaux vivants% contre

Modèle multivarié

Les variables significatives à α = sur l’analyse univariée – exposition de l’indice, taille du ménage, nombre de contacts sanguins et nombre de parents au premier degré – ont été prises en compte dans un modèle de régression logistique multivariée. Étant donné la corrélation entre ces facteurs, nous avons diminué la taille des ménages et le nombre de contacts sanguins. Les deux variables restantes étaient statistiquement significatives en tant que facteurs de risque indépendants pour les éclosions en grappes: le nombre de parents au premier degré des cas indexés rapport [aOR], par rapport au premier degré; % CI: -, P & lt; et l’exposition directe des cas index aux sources de virus de la grippe aviaire AOR,; % CI: -, P = Le modèle multivarié final a passé le test Cessie-van Houwelingen-Copas-Hosmer de la somme des carrés non pondérée de la qualité de l’ajustement P = Aucune autre variable de ménage ou de niveau individuel n’a été associée à des éclosions sporadiques.

Facteurs de risque de l’infection secondaire

Trois variables ont été jugées significatives à α = sur des analyses univariées comme facteurs de risque d’infection secondaire. Tableau: âge, exposition et parents de sang au premier degré Aucune différence statistique entre les cas secondaires et les contacts sains Un plus grand risque de devenir des cas secondaires Tableau Une analyse plus approfondie a révélé que la distribution par âge des cas secondaires signifie; gamme, – années était similaire aux cas de l’indice de la grappe,; intervalle, – années Dans l’ensemble, l’âge de tous les cas de grappes signifie; gamme, – les années ne diffèrent pas sensiblement de celle des cas sporadiques; gamme -, P = Les contacts qui ont été exposés directement à des sources de virus IA HN étaient également plus à risque d’infection que les contacts qui ont eu une exposition indirecte P =; Tableau Les expositions secondaires étaient similaires aux cas indexés, où la plupart des oiseaux avaient des décès d’oiseaux dans la maison% ou des oiseaux malades / morts manipulés% Tableau Être un parent au premier degré d’un cas index était un facteur de risque pour devenir un cas secondaire. la majorité des cas secondaires% étaient des parents au premier degré Tableau Aucun des parents non liés au sang des cas index ont été infectés dans l’un des foyers

Modèle multivariet

Les variables significatives sur les analyses univariées ont été prises en compte dans le modèle de régression logistique multivariée. Le modèle final comportait des facteurs de risque d’infection secondaire. Tableau Il s’agissait de l’âge où les individus entre et les années d’âge. % CI: -; P = ou – ans OU,, IC%: -, P = étaient plus susceptibles d’être infectés par rapport aux contacts & gt; ans, ayant une exposition directe à des sources de virus de l’IA OU; % CI: -, P = et étant un parent au premier degré d’un cas index OR, ·; % CI: -, P = Le modèle multivarié final était bien adapté. P = La découverte que les parents au premier degré présentaient un risque accru d’infection secondaire a été explorée plus loin Restriction de l’analyse aux seuls contacts relatifs au sang des cas-index presque cinq fois plus susceptibles de devenir des cas secondaires par rapport aux parents de sang de deuxième ou de troisième degré; % CI: -, P =; Les taux d’infection empirique chez les enfants et les adultes en fonction de la relation généalogique avec les cas-index mettent en évidence qu’en plus de la parenté, de l’âge, le risque d’infection est statistiquement plus élevé que celui des parents au deuxième ou au troisième degré. est un déterminant important de l’infection Figure

DISCUSSION

La principale conclusion de cette étude est qu’une interaction entre le type d’exposition et la susceptibilité génétique prédispose à la formation d’éclosions de grappes d’IA HN. les contacts liés au cas-index étaient plus susceptibles de développer des cas secondaires, et ceux qui sont devenus secondaires étaient plus susceptibles d’être apparentés au premier degré du cas-index Pour minimiser le risque de regroupement, les implications pour la santé publique sont: Les contacts familiaux doivent être informés des méthodes appropriées pour manipuler les oiseaux, en particulier les oiseaux malades et morts, afin de minimiser l’exposition directe aux sources de virus. Identifier les mécanismes les plus responsables du regroupement des ménages. est difficile parce que la relation génétique et l’appartenance au ménage sont corrélées Pour les maladies pour lesquelles un mécanisme génétique d’infection a été identifié par la recherche sur le génome entier, comme la lèpre, il est difficile de déterminer dans quelle mesure les facteurs d’exposition génétiques et domestiques expliquent le regroupement Pour AI AI, les arguments pour la susceptibilité génétique incluent la prépondérance du regroupement familial des cas, avec des groupes détectés globalement à partir de mars ayant des cas génétiquement liés D’autres arguments incluent la rareté des cas dans des groupes hautement exposés tels que les travailleurs avicoles et la survenance de cas familiaux séparés par le temps and place [,,] Cette étude apporte un soutien supplémentaire à une base génétique de la susceptibilité à l’infection par l’IAHN. L’étude a montré que tous les clusters en Indonésie présentaient des cas génétiquement liés. comme les conjoints ont été influencés par l’appartenance à un ménage et les points communs tudy a constaté que les cas index et secondaires dans les foyers de grappes étaient plus susceptibles d’avoir une exposition directe aux sources de virus IA HN Ceci soulève des points importants. Premièrement, cela ajoute des preuves que la grappe n’indique pas nécessairement une transmission interhumaine mais peut simplement résulter de expositions secondaires aux sources d’infection Deuxièmement, même si les cas d’une même famille étaient infectés par la même source plutôt que par l’une ou l’autre, cela n’enlève rien à l’hypothèse d’une susceptibilité génétique à l’infection. Les jeunes contacts étaient exposés à un risque plus élevé d’infection et étaient également plus susceptibles d’être directement exposés à des sources de virus IA HN En Indonésie, l’élevage des oiseaux est généralement délégué aux plus jeunes membres du ménage Cette pratique socio-comportementale a peut-être augmenté le niveau de risque d’infection à l’IA HN par rapport à d’autres groupes d’âge, mais elle Les études basées sur les ménages mettent en lumière les facteurs de risque de transmission car les contacts familiaux des cas sont moins susceptibles d’être affectés par un biais de constatation de cas Cependant, les études sur les ménages présentent des limitations clés. entrer dans l’étude peut présenter des symptômes plus sévères et des expositions qui ne sont pas représentatives des infections typiques Cela peut biaiser les estimations pour les facteurs de risque étudiés Deuxièmement, les éclosions avec plus de cas sont plus susceptibles d’être détectées puisque les travailleurs de la santé sont plus susceptibles de suspecter événements pour les autorités de santé publique Cela gonfle le taux d’attaque secondaire et peut également biaiser les estimations pour les facteurs de risque étudiés Ces limitations pourraient être adressées par des études prospectives communautaires Une limitation de l’étude est que% des cas de rencontré seulement la définition de cas probable [ Certains de ces cas peuvent ne pas avoir été une infection par l’IA HN. Cependant, nous considérons En conclusion, il s’agit de la première étude à notre connaissance pour démontrer que l’interaction entre les ménages et les ménages est faible, compte tenu de la sévérité associée à la maladie. et les variables de niveau individuel, y compris les relations généalogiques, influent sur le risque de grappes ainsi que sur l’infection de cas secondaire. L’étude ajoute des preuves supplémentaires à l’hypothèse selon laquelle il existe une base génétique pour la susceptibilité à l’infection

Remarques

Remerciements

Nous aimerions remercier les bureaux de santé provinciaux et de district, le ministère de l’Agriculture et le personnel de laboratoire pour leur soutien dans l’enquête sur les éclosions et la collecte de données.

Aide financière

Aucun financement n’était requis pour cette étude, car les données étaient des données de surveillance de la santé publique

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués