Fever Valley: Trouver de nouveaux endroits pour une vieille maladie: Coccidioides immitis trouvé dans le sol de l’État de Washington associé à une infection humaine récente

Nous avons utilisé la réaction en chaîne par polymérase en temps réel et la culture pour démontrer la colonisation persistante des sols par Coccidioides immitis, un agent de la fièvre de la vallée, dans l’État de Washington lié aux infections humaines récentes et situé en dehors de la gamme endémique. le sol et l’un des cas-patients

Nous avons utilisé la réaction en chaîne par polymérase en temps réel et la culture pour démontrer la colonisation persistante des sols par Coccidioides immitis, un agent de la fièvre de la vallée, dans l’État de Washington lié aux infections humaines récentes et situé en dehors de la gamme endémique. le sol et l’un des cas-patients

WGS a été utilisé pour évaluer les relations entre des isolats représentatifs du sol, des souches non apparentées de Californie et un isolat clinique obtenu à partir d’une rupture de la lymphe inguinale. Les génomes ont été assemblés en utilisant la souche SanDiego comme référence et déposés au Centre national d’information sur la biotechnologie sous le numéro d’accès BioProject PRJNAThe génome de C immitis est d’environ Mb en taille; pas plus que les SNP polymorphismes mononucléotidiques SNPs différenciés ADN de l’isolat patient de Washington et l’un des isolats de sol WA qui ont été séquencés, avec un total de SNP parmi tous les membres de ce groupe Inversement, & gt; Les SNP ont été identifiés entre les souches WA et les souches C immitis d’autres régions. Figure La structure génomique de la population de Coccidioides est bien établie; les isolats naturels de C immitis sont très divers et des milliers de SNP séparent des souches de la même zone géographique Nos résultats indiquent que bien que les isolats WA forment un clade distinct sur l’arbre phylogénétique, ils sont plus apparentés aux souches collectées dans la vallée de San Joaquin avec une seule souche de San Diego Figure L’identité quasi-génomique observée parmi les génomes de souches WA séquencées indique l’origine commune récente de ces isolats Des degrés similaires de parenté génomique ont été observés lorsque des génomes de C immitis provenant de transplantés partageant un donneur d’organes commun ont été comparés. un cas d’organes transplantés contaminés Nos résultats WGS fournissent un lien direct entre l’isolat patient de Washington et sa source environnementale Figure Vue largeTélécharger diapositiveAnalyse génétique de génomes d’isolats du patient Washington, Washington environnement CDC, CDC, CDC, et CDC, et souches de Coccidioides immitis non apparentées n = de California visuali Abréviation: CDC, Centres pour le contrôle et la prévention des maladiesFigure View largeTélécharger diapositiveAnalyse prophylactique des génomes des isolats du patient Washington, Washington environnement CDC, CDC, CDC et CDC, et des souches Coccidioides immitis non apparentées n = Abréviation: CDC, Centres de contrôle et de prévention des maladiesIl existe au moins des explications possibles de la présence de C immitis dans WA Premièrement, parce que C immitis a été isolé du sol de la piste de VTT, il est possible qu’il a été transporté d’une autre zone d’endémie sur des véhicules de VTT et s’est établi dans une région avec le même climat et la même écologie néonatal. La transmission de fomite de Coccidioides a déjà été rapportée Deuxièmement, des événements météorologiques extrêmes récents et / ou le changement climatique à WA Plus précisément, les sécheresses entraînent souvent une production massive de poussière, Il a été montré que les sécheresses étendues récentes qui ont affecté la Californie, l’Oregon et la WA ont contribué à l’expansion de la gamme C immitis. Troisièmement, il est également possible que Coccidioides soit présent dans WA depuis longtemps. , mais en raison de la faible densité de population humaine dans l’est de l’Australie, de la distribution sporadique de l’agent pathogène et de la méconnaissance des médecins, les cas humains de coccidioïdomycose n’ont pas été identifiés auparavant. Cette hypothèse est confirmée par le fait que des cas de coccidioïdomycose décrit dans WA , bien qu’aucun antécédent d’exposition ne soit disponible pour ces cas. Quatrièmement, d’autres facteurs, tels que l’expansion des populations de rongeurs ou d’autres animaux, peuvent également avoir contribué à l’expansion de C immitis Plus de recherches utilisant des méthodes moléculaires de détection et une meilleure surveillance épidémiologique est nécessaire pour déterminer la prévalence de Coccidioides dans WA et les états environnantsNos résultats ont public h significatif Implications sanitaires Les cliniciens, les laboratoires de diagnostic et le public doivent être conscients que cette maladie peut être contractée en dehors des zones endémiques traditionnellement établies. Plus de recherche est essentielle pour déterminer la prévalence des Coccidioides dans WA et d’autres zones limitrophes des zones endémiques historiquement définies. Les données épidémiologiques provenant des zones endémiques suggèrent que jusqu’à% des personnes infectées restent asymptomatiques et <%> développent une maladie sévère ou disséminée qui nécessite une hospitalisation, ce qui suggère qu’il pourrait y avoir d’autres cas non identifiés de la coccidioïdomycose. Fièvre de la vallée dans WA La détection récurrente de l’ADN de Coccidioides et isoler le rétablissement des mêmes sols années après l’infection indique la colonisation persistante des sols WA et suggère que plus d’infections peuvent se produire dans cette région

Remarques

Remerciements Nous remercions Fred Fisher pour les discussions sur l’échantillonnage des sols, Kathleen Stigi pour l’aide dans la collecte des échantillons et Anthony Marfin pour les discussions utiles sur l’enquêteDisclaimer L’utilisation des noms de produits n’implique pas leur approbation par le US Department of Health and Human Services. Les conclusions de cet article sont celles des auteurs et ne représentent pas nécessairement les points de vue des Centres de contrôle et de prévention des maladies. Conflits d’intérêts potentiels PK et DME ont un intérêt financier dans DxNA, titulaire du test de PCR en temps réel décrit dans ce manuscrit Tous les autres auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués